O cristianismo chegou à Indonésia com os portugueses, em 1511, nas Molucas e continua a ser uma forte religião no leste do país. Missionários holandeses vieram no século XVII, acompanhando os colonizadores.
Baseado na estimativa informal dos líderes da Igreja, há aproximadamente 35 milhões de cristãos no país, incluindo católicos. Dos cristãos, 12,6% é protestante e 7,20% é católico.
Embora hoje a Igreja enfrente sérios desafios, ela continua a crescer. Alguns acreditam que a taxa de crescimento anual dos evangélicos seja de 4%: 504 mil ao ano.
A Igreja indonésia está dividia em quase 400 denominações. Cem delas foram registradas na Aliança de Igrejas da Indonésia, a maior organização cristã no país. O governo reconhece a instituição como representante nacional dos cristãos. Contudo, muitas igrejas se mostram descontentes com ela, pois a Aliança não consegue canalizar a aspiração dos cristãos. Ela se mostra reservada quando o assunto é a religião no país.
O governo fez regras estritas para o trabalho de missionários estrangeiros no país. A exceção é para as pessoas que tenham grau de mestrado e queiram contribuir para o desenvolvimento dos indonésios. Há organizações cristãs que realizam ministérios de ajuda humanitária e ação social na Indonésia.
